一般社団法人淡水生物研究所では、定款に基づき、次の事業を行っています。
（１）河川･自然湖沼、ダム湖の保全及び河川の整備等に関する生物調査及び生物学的環境アセスメント
（２）ダム湖や自然湖沼でおきる赤潮、アオコ、異臭などの発生原因を追究し、水質の保全と共に生態系の健全性について周知
（３）ダム湖や貯水池などの人工構造物の流域全体の生物多様性に及ぼす影響を検討し、生態系サービスについて評価、検討
（４）河川の環境の整備等に関する環境技術、とくに生物学的水質調査法、水環境カルテを作成するための手法の開発と共にさらなる研究を重ね、その成果を普及
（５）自治体及び一般市民や団体からの質問や要望に応え、的確な生物学的調査や研究の手法の提案、指導、場合によっては、技術者の派遣
（６）河川環境の保全に関する生物学的水質調査から習得した環境技術を駆使して地域に還元できる技術者を養成
（７）河川環境の保全等に係る生物学的調査・研究に関する資料の収集・公表及び各種研究業績を自然学研究等に発表